南开大学医学院采用加强基础，注重素质，面向临床的办学模式组织实施研究生教学。旨在培养具有良好的思想品德和职业道德、较广泛的社会科学知识、较宽厚的自然科学背景、较扎实的医学基础理论、较熟练的专业实践技能、有解决临床实际问题和独立科研工作能力、有较强的创新精神和发展潜能的德智体全面发展的高级医学专门人才。目前采用联合办学的教育体制，天津市多家三级甲等医疗院所是医学院的附属医院和临床医院。2007年与中国人民解放军总医院（301医院）签约成为南开大学教学医院，极大丰富了医学院的临床教学资源。医学院与联合办学单位在临床人才培养、学科建设、教学科研等领域开展全方位合作，特别是解放军总医院以一流专家云集、学科优势突出、临床资源丰富、医疗技术优良而著称。截至目前我院和联合办学单位共有博士生导师98位；硕士生导师158位，其中在301医院聘任包括四名中国工程院院士在内博士研究生导师70余人，已和301医院联合培养博士研究生150余人；硕士研究生500余人。
截至2016年，医院拥有：

一级学科博士授权一个——临床医学博士学位授权。自2011年9月开始正式招收临床医学博士研究生，目前已开设八个二级专业，包括：内科学、外科学、妇产科学、老年医学、肿瘤学、眼科学、耳鼻咽喉科学、影像医学与核医学。

一级学科硕士授权4个——临床医学、基础医学、口腔医学、食品科学与工程。临床医学自1999年为七年制的学生授予学位，并开始招收三年制研究生；基础医学自2011年9月开始正式招收硕士研究生；口腔医学自2007年开始正式招收硕士研究生；食品科学与工程自2018年开始正式招收硕士研究生。

一级硕士专业学位授权二个——临床医学硕士专业学位、口腔医学硕士专业学位。医学院与天津市人民医院联合培养临床医学硕士专业学位研究生，与天津市口腔医院联合培养口腔医学硕士研究生。学生在学期间同时参加住院医师规范化培训，住院医师规范化培训合格证、执业医师资格证与硕士毕业及学位申请相关联，专业硕士培养实现四证合一的教育体制。医学院自2006年9月开始正式招收临床医学硕士专业学位研究生，现已开设7个专业领域：内科学、外科学、妇产科学、儿科学、影像医学与核医学、肿瘤学、全科医学；2015年9月开始招收口腔医学专业硕士，全面招收口腔临床医学各专业研究生。